O Ministério Público Federal (MPF) solicitou o arquivamento da investigação contra o prefeito Emanuel Pinheiro, sobre suposta utilização inadequada de verbas federais destinadas ao combate à epidemia de COVID-19 em Cuiabá. O pedido foi realizado pelo por falta de provas que sustentem a acusação. 

A investigação, iniciada em maio de 2021, tinha como objetivo descobrir se o prefeito de Cuiabá usou os recursos de forma imprópria, não seguindo os planos e objetivos para os quais foram destinados. Conforme relatado nos autos, o Município recebeu uma quantia de R$ 41.435.317,61 do Fundo Nacional de Saúde (FNS), por meio do Fundo Municipal Único de Saúde, destinada ao enfrentamento da epidemia de Covid-19. Esses recursos foram transferidos entre os meses de março e maio de 2020.

O governo estadual protocolou um documento na Procuradoria-Geral da República afirmando que, apesar dos recursos fornecidos pelo Ministério, a Prefeitura de Cuiabá não investiu em equipamentos adequados para os profissionais de saúde que estavam na linha de frente contra a pandemia. A denúncia também indicava que a administração municipal não havia aumentado a capacidade de leitos de UTI para pacientes com Covid-19 e que havia desativado 40 leitos existentes. A Prefeitura refutou as alegações, demonstrando ter criado 30 novos leitos de Terapia Intensiva no Hospital Municipal de Cuiabá (HMC) e outros 10 no Hospital São Benedito. Ao todo, a prefeitura afirmou que haviam 105 leitos de UTIs e 187 de enfermarias para atender pacientes com Covid-19.

Já sobre a extinção dos leitos, informou que comunicou oficialmente o Ministério da Saúde sobre o remanejamento de leitos de UTIs implantamos no Hospital Municipal de Cuiabá para o Hospital São Benedito.

Em razão da desabilitação de leitos, o Ministério da Saúde determinou que o Município de Cuiabá efetuasse a devolução dos valores de R$ 7,2 mil referentes aos 50 (cinquenta) leitos de UTI adulto desabilitados e de R$ 1,440 referentes aos 10 (dez) leitos de UTI pediátrico também desabilitados.